Sở Y tế TPHCM là cơ quan chuyên môn thuộc UBND TPHCM, có chức năng tham mưu, giúp UBND TPHCM thực hiện quản lý nhà nước về y tế trên địa bàn thành phố. Sở Y tế TPHCM có nhiệm vụ tổ chức và chỉ đạo thực hiện các chính sách, kế hoạch, chương trình, dự án của Đảng và Nhà nước về y tế; quản lý hoạt động của các cơ sở y tế công lập và tư nhân; bảo đảm an toàn thực phẩm và vệ sinh môi trường; phòng chống và ứng phó với các dịch bệnh và sự cố y tế; nâng cao năng lực và chất lượng của nguồn nhân lực y tế; phối hợp với các cơ quan liên quan trong việc triển khai các hợp tác quốc tế về y tế.
Sở Y tế TPHCM có cơ cấu tổ chức gồm: Văn phòng Sở; Cục Quản lý y tế dự phòng; Cục Quản lý khám chữa bệnh; Cục Quản lý dược và thiết bị y tế; Cục Quản lý y tế môi trường; Cục Quản lý nhân lực y tế; Cục Thanh tra y tế; Cục Tài chính kế toán; Ban Tuyên giáo và Truyền thông; Ban Hợp tác quốc tế; Ban Giám sát chất lượng y tế. Ngoài ra, Sở Y tế TPHCM còn có các đơn vị sự nghiệp trực thuộc gồm: Trung tâm Y tế dự phòng TPHCM; Trung tâm Kiểm soát bệnh tật TPHCM; Trung tâm Quản lý chất lượng y tế TPHCM; Trung tâm Đào tạo và Bồi dưỡng cán bộ y tế TPHCM.
Sở Y tế TPHCM luôn nỗ lực để hoàn thành xuất sắc nhiệm vụ được giao, đóng góp tích cực vào sự phát triển của ngành y tế và của thành phố. Sở Y tế TPHCM mong muốn được sự hợp tác và ủng hộ của các cơ quan, tổ chức và người dân trong việc bảo vệ và nâng cao sức khỏe cho người dân thành phố.